14 марта 2017 г.
Ситуация следующая.
По требованиям спонсоров и с учетом целесообразности проект НИР разделен на два последовательных проекта НИР1 и НИР2.
НИР1 «Метагеномы фагоцитов крови и фагоцитов псориатической кожи» (название уточнено на 25.06.17) - диагностический, длительностью 3 месяца (включая подготовку и подведение итогов).
и НИР2 «Метагеном крови, метагеномы и микрофлора зева и лаважных вод ЖКТ, а также проницаемость тонкой кишки при псориатической болезни (ПБ). Разработка и апробация Y-методики лечения ПБ, основанной на коррекции микрофлоры зева и/или ЖКТ.» - диагностический и лечебный, длительностью 9 месяцев.
Метагеном – это совокупность всех nhDNA (нехозяйских DNA (=ДНК), т.е. здесь - не принадлежащих человеку), содержащихся в биоматериале. nhDNA – это бактериальная, архейная, грибковая, гельминтная, вирусная, фаговая и т.д. DNA.
В двух прилагаемых схемах содержится Порядок участия пациентов в НИР1 и НИР2, соответственно.
НИР2 состоится только в том случае, если НИР1 даст положительный ответ на главный вопрос:
"Тяжесть псориатической болезни коррелирует с концентрацией каких-либо nhDNA в фагоцитах крови?"
В рамках НИР1 предполагается (как минимум) получить доказательства того, что
а) в фагоцитах крови псориатических пациентов есть DNA как патогенных, так и предполагаемых псорагенными бактерий;
б) концентрация этих DNA коррелирует с тяжестью псориатической болезни.
Такие дела... В настоящее время идет детальная проработка и обсуждение НИР1.
Для НИР1 и НИР2 (для каждой из них) готовятся по 4 взаимосвязанных документа: питч, презентация, статья-обоснование и расчет стоимости. По мере их завершения они будут публиковаться.
5.04.2017
Идет детализация проекта НИР1.
Одной из важных задач этого проекта является комплексная
WMS-диагностика фагоцитов крови и фагоцитов псориатической кожи.
Из фагоцитов будет извлечена и изучена с помощью двух WMS-тестов вся нехозяйская (бактериальная, вирусная, гельминтная и т.д. ) ДНК.
А затем (помимо отдельного изучения) результаты этих двух WMS-тестов (крови и кожи) будут изучены вместе.
Для этого нужно заранее определить некоторые параметры
(например достаточные объемы крови и биоптата кожи) так, чтобы максимально повысить
достоверность и значимость результатов такого комплексного изучения.
Кто из Вас знает смысл слов "математическое ожидание" и девиация?
Кто из Вас разбирается в математической статистике?
Откликнитесь по E-mail.
25.06.2017
Детализация проекта НИР1 заняла достаточно много времени и в данный момент практически завершена.
До начала выполнения НИР1 необходимо решить следующие организационные и финансовые задачи:
1) Экспертная оценка и возможная доработка НИР1 с участием специалистов по WMS-тестам (полное метагеномное секвенирование);
2) Выбор исполнителей для выполнения и комплексного изучения WMS-тестов, определение сроков исполнения и общей стоимости WMS-тестов для НИР1;
3) При необходимости выбор соисполнителей для пробоподготовки биоматериалов для WMS-тестов и определение общей стоимости работ по пробоподготовке для НИР1;
Есть ли среди Ваших друзей или знакомых специалисты в области биоинформатики, способные содействовать решению каких-либо из этих задач?
Скачать архив с директорией, содержащей все актуальные файлы по НИР1 (рекомендуется начать ознакомление с файла _Run_me_first.bat).
Либо смотреть информацию по проекту НИР1 непосредственно на сайте
(слайды открываются только в браузерах Google Chrome, Opera или Yandex Browser).
С пожеланиями, замечаниями и вопросами обращайтесь по адресу: